Sinds 1995 is Museum Catharijneconvent een onafhankelijke stichting onder leiding van een directie. Deze wordt gevormd door drs. Marieke van Schijndel (algemeen directeur). Daarnaast controleert de Raad van Toezicht namens de overheid de taakvervulling door het museum.De museumorganisatie functioneert als een projectorganisatie (zie organigram) waarin veertig medewerkers werkzaam zijn. De dagelijkse leiding is in handen van het managementteam, dat bestaat uit de directie, de afdelingshoofden Sieske Binnendijk (hoofd Collectiebeheer), Douwe Wigersma (hoofd Marketing en Communicatie) en drs. Saskia van Haaren (hoofd Tentoonstellingen).
Het jaarlijkse budget voor de reguliere exploitatie bedraagt ongeveer vier miljoen euro. Dit bedrag bestaat grotendeels uit overheidssubsidie, maar ook uit kaartverkoop- en verhuurinkomsten en uit bijdragen van fondsen en sponsors.
Het jaarlijkse budget voor de reguliere exploitatie bedraagt ongeveer vier miljoen euro. Dit bedrag bestaat grotendeels uit overheidssubsidie, maar ook uit kaartverkoop- en verhuurinkomsten en uit bijdragen van fondsen en sponsors.
